O ministro Dias Toffoli votou a favor da concessão de um habeas corpus (HC) ao então ex-presidente Luiz Inácio Lula da Silva em 2018. Na ocasião, o atual presidente da República havia sido condenado, em janeiro do mesmo ano, pelo Tribunal Regional da 4ª Região (TRF4) a 12 anos e um mês de prisão por corrupção passiva e lavagem de dinheiro no caso do tríplex no Guarujá, em São Paulo. Após a decisão do TRF4, os advogados de Lula entraram com um HC preventivo para evitar a prisão, mas o pedido foi rejeitado pela Corte Suprema com um placar de 6 a 5. A votação ocorreu no dia 4 de abril de 2018.
No dia seguinte, após o julgamento do STF sobre o habeas corpus preventivo a Lula, o então juiz da 13ª Vara Federal de Curitiba atual senador Sergio Moro (União Brasil-PR) expediu uma ordem de prisão para Lula, que foi preso pela Polícia Federal (PF) dois dias depois, em 7 de abril de 2018. De lá para cá as investigações da Lava Jato tiveram diversos desdobramentos, como a "Vaza Jato" e acabou levando à anulação dos processos contra o presidente Lula. Os casos que botaram em xeque a credibilidade das investigações e de pares da Lava Jato, como Moro e o ex-procurador e deputado cassado Deltan Dallagnol (Podemos-PR), levaram não só à soltura de Lula como a recuperação dos direitos políticos do petista, que pôde disputar as últimas eleições e sair vitorioso.
Nesta quarta-feira, 6, um novo desdobramento das investigações no âmbito da Lava Jato. O ministro Dias Toffoli “tornou imprestáveis” as provas obtidas contra a empreiteira Odebrecht em um acordo de leniência firmado em 2017. Na decisão, além de indicar a anulação das investigações, Toffoli afirmou categoricamente que as investigações em torno do caso foram uma uma "armação" para levar à prisão o presidente Luiz Inácio Lula da Silva. O ministro frisou ainda que as condenações no âmbito da operação foram um dos “maiores erros da história do poder Judiciário brasileiro”. Pelo Twitter, Moro se posicionou e afirmou que "a corrupção nos governos do PT foi real". Em 2018, além de Toffoli, os ministros Gilmar Mendes, Marco Aurélio Mello, Celso de Mello e Ricardo Lewandowski foram a favor do habeas corpus preventivo a Lula. Votaram contra os ministros Alexandre de Moraes, Luís Roberto Barroso, Rosa Weber, Luiz Fux, Edson Fachin e Cármen Lúcia.
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